Es una hermana a quien la Asamblea  confía la dirección de la misma. Está al servicio de todas las hermanas, administra espíritu y vida y debe mantener la unidad de la Federación. Carece de autoridad jurídica sobre los monasterios por la autonomía de éstos y se rige por las atribuciones que le otorgan los estatutos y otras disposiciones de la Iglesia y de la Orden.

Actualmente este servicio lo realiza la Hna. Mª José Hidalgo López, elegida en la última Asamblea Federal celebrada en octubre de 2024 para un periodo de 3 años.
La Hna. Mª José nació en Dos Torres (Córdoba) el 17 de noviembre de 1967. Ingresó en el Monasterio de la Purísima Concepción de Hinojosa del Duque en 1994. Realizó su primera profesión el 6 de octubre de 1996 y su profesión solemne el 3 de octubre de 1999. Es diplomada en profesorado de EGB.

Ha ejercido el servicio de Secretaria federal con las hermanas Mª de los Angeles Salvador Palenzuela y con la Hna. Mª de la Cruz Alonso Paniagua, desde el año 2002 hasta el 2014. En noviembre del 2021 fue elegida también coordinadora de la Confederación Santa Beatriz de Silva de la Orden de la Inmaculada Concepción de España.

El Consejo colabora con la Presidenta en el gobierno de la Federacion prestándole ayuda en forma de consentimiento o consejo a tenor de los Estatutos. Es convocado al menos una vez al año.

Elegidas en Asamblea Federal celebrada en Octubre 2024, sirven a la federación en este ofício las Hermanas: 

Hmna. Mª Inmaculada Fernanéz de la Cruz (Comunidad de Cuenca)

Hmna. Elena Tejero Muñoz (Comunidad de Mairena del Aljarafe)

Hmna. Mª Dolores Iglesias Amaro (Comunidad de Osuna) 

Hmna. Mª Inés de la Cruz (Comunidad de Campo Maior)

El Asistente es ordinariamente un hermano sacerdote de la Orden de frailes menores de la Provincia Bética y es el vínculo de unión entre la Santa Sede y la Federación.
El Asistente anima la fraternidad federal, promueve y salvaguarda la formación de las Hermanas, vigila con discreción la observancia de los Estatutos y asesora a la Asamblea y Consejo.

Fr. Alfonso García Araya, hermano de la Nueva Provincia franciscana de la Inmaculada Concepción en España, y que ha ejercido el servicio de Definidor Provincial de la Provincia Bética Franciscana hasta enero de 2015, acompaña a la Federación Santa María de Guadalupe como Asistente religioso desde 2018. 

Fr. Alfonso es Guardián del Convento de San Buenaventura, Sevilla. Es especialista en la Sagrada Escritura y Profesor en el Centro de Estudios Teológicos de Sevilla.